高位肛瘺與低位肛瘺的主要區別在于其感染通道的位置，高位肛瘺的通道位于直腸壁內部，通常需要手術治療；而低位肛瘺的通道位于肛門周圍皮膚，可以通過藥物治療或手術治療，高位肛瘺的癥狀可能較輕，但容易復發；低位肛瘺的癥狀較重，但治療成功率較高。

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