巧克力囊腫和卵巢囊腫的區別在于，巧克力囊腫是由子宮內膜異位癥引起的，異位病灶種植在卵巢上，隨著每次來月經，異位病灶出血，逐漸出現陳舊血液的沉積、包裹，從而形成了巧克力囊腫，而卵巢囊腫多是由遺傳和內分泌引起的，與巧克力囊腫成因不同。

巧克力囊腫的囊液不是透亮的，是很密集的光點，單純性囊腫囊液是很透亮的，是一個暗區；這部分人痛經是比較明顯的，而單純性囊腫可能沒有任何癥狀，不痛，也不癢。

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