口袋妖怪X和Y的區別在于部分PM的獲取途徑，以下為只能在X (Y)版中捕獲的精靈： X版本限定的寵物有：海星星、寶石海星、大甲、戴魯比、黑魯加、土狼犬、大狼犬、可可多拉、可多拉、波士可多拉、打擊鬼、妖精系精靈ペロッパフ及其進化ペロリーム (像棉花的那只)、水系精靈. ウデッポウ及其進化ブロスター (龍蝦)、妖精系神獸ゼルネアス (即X神)。 Y版本限定的寵物有：大舌貝、鐵甲貝、赫拉克羅斯、由基拉、沙基拉、班吉拉、落雷獸、雷電獸、扒手貓、酷豹、投射鬼、妖精系精靈シュシュプ及其進化フレフワン (妖精系的鳥)、毒·水系精靈ウデッポウ及其進化ドラミドロ (海馬，進化后為毒+龍)、惡·飛行系神獸イベルタル (即Y神)。 Mega進化所需的Mega石也存在版本限定。

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