第一，疼痛的部位及性質不同：肝疼位于右上腹，一般以可忍受的悶脹、疼痛為主，但肝癌的患者有時也會出現劇烈疼痛，胃疼多位于中上腹或左上腹，多為脹痛、刺痛或痙攣性疼痛，常常伴有反酸、燒心、噯氣、消化不良等癥狀，多與進食有關，第二，基礎疾病不同：肝疼常見于慢性肝炎、脂肪肝、肝癌，而胃疼多見于急慢性胃炎、消化性潰瘍、胃癌、胃食管反流病，以及食管、胃、十二指腸的憩室炎等多方面原因，第三，治療方式不同：肝疼主要給予保肝治療，若是肝癌引起，可給予止痛藥；而胃疼則主要給予保護胃黏膜、抑制胃酸分泌等藥物來進行綜合治療 。

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