函授本科和自考本科的主要區別在于學習方式和時間安排，函授本科通常需要在固定的時間和地點上課，學生需要按照教學計劃完成課程學習、作業和考試，而自考本科則更注重自學能力，學生可以在業余時間自主學習，根據個人進度安排學習計劃，參加統一考試。

函授本科的學習資源相對較為豐富，包括教材、輔導資料和教師指導等；而自考本科則更依賴學生自己尋找學習資料，解決學術問題，在學歷認可度方面，兩者都是經過教育部批準的合法學歷，具有同等法律效力。

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