ATP進入細胞核的跨膜運輸方式主要有兩種：核孔復合體依賴的被動擴散和ATP轉運蛋白介導的主動轉運，核孔復合體是細胞核膜上的一種大型蛋白質復合物，由多種核孔蛋白組成，這些核孔蛋白形成了核孔復合體的核孔，可以通過核膜連接細胞核和細胞質，在核孔復合體依賴的被動擴散中，ATP通過核孔復合體的核孔進入細胞核，由于核孔復合體的存在，ATP的擴散速率相對較高，但是仍然受到分子大小和電荷的限制。

在ATP轉運蛋白介導的主動轉運中，ATP通過ATP轉運蛋白從細胞質中被攝取并轉移到高爾基體或內質網中，然后再通過高爾基體或內質網中的囊泡將ATP運入到細胞核中。

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