肛瘺根據其臨床的解剖結構，一般分為單純表淺性的肛瘺、低位肛瘺以及高位復雜性的肛瘺。

單純表淺性肛瘺，一般不會跨越括約肌，只是在皮下有局部的膿腔以及外口存在；而低位復雜性或者低位單純性肛瘺，會跨越括約肌，形成一個管道，這個管道就是所謂的“內口”，而這個管道的另一端則是在肛門周圍皮膚上形成的一個開口，這個開口就是所謂的“外口”。

高位復雜性肛瘺則是指瘺管穿過直腸括約肌進入盆腔或腹腔內，這種類型的肛瘺比較少見。

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