低聚木糖和低聚果糖都是低聚糖，但是它們的成分組成不同、穩定性不同、對有益菌的增殖效果也不同，低聚木糖很難為人體消化酶所分解；酸、熱穩定性好，難發酵，與其他低聚糖相比，具有更好的耐酸性和耐熱性，而低聚果糖則是一種天然活性物質，甜度相對較高一些，含糖量通常會相對比較低，而且能夠直接進入腸道內，可以促進有益菌增殖 。

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