吳茱萸和山茱萸的主要區別在于種屬、形態以及藥用價值的不同，山茱萸是山茱萸科落葉灌木或小喬木，吳茱萸為蕓香科小喬木或灌木植物；前者的核果長橢圓形，果實飽滿，味酸，后者的果實密集，味辛，像一顆顆小瘤子，表面不光滑也不艷麗。

兩者的藥用價值也有所不同，山茱萸有補肝腎、益精血、安胎定驚等功效；而吳茱萸則有溫中散寒、行氣止痛、祛濕化痰等功效。

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