公母草龜的區別主要體現在外形和生殖器上，公草龜個體較大，頭部較圓，背甲呈深綠色，有黑色斑紋；而母草龜則較小，頭部較尖，背甲呈棕黃色，有白色斑紋，公草龜的尾巴較粗短，而母草龜的尾巴則較長且細，在生殖器方面，公草龜的陰莖和睪丸明顯外露，而母草龜則隱藏在腹股溝內，通過觀察外形和生殖器特征，可以輕松區分公母草龜。

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