企業單位和事業單位的主要區別在于其性質、目的和運營方式，企業單位是以盈利為目的的經濟實體，通常需要接受市場競爭和政府監管，其經營成果會影響股東的投資回報，而事業單位則是以提供公共服務或滿足社會需求為主要目標，其收入來源主要包括政府撥款和社會捐贈，運營過程中不受盈利與虧損的直接影響，企業的組織結構較為靈活，人員管理相對市場化，而事業單位則相對穩定，人事關系更為規范。

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